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叙卷一·琼瑶神书天部宋徽宗皇帝崇宁五年琼瑶真人一书手法序一琼瑶真人用升阳升阴气上气下之手法讲论歌二琼瑶标本运气歌三琼瑶辨十二经水火分治法四宋徽宗崇宁皇帝论五论手足阴阳流注篇六络脉传注周流不息七琼瑶真人
自叙上卷原病温疫初起传变不常急证急攻表里分传热邪散漫内壅不汗下后脉浮下后脉复沉邪气复聚下后身反热下后脉反数因证数攻病愈结存下格注意逐邪勿拘结粪蓄血发黄邪在胸膈辨明伤寒时疫发斑战汗合论战汗自汗盗汗狂汗发
序辨初生脉证并治第一辨寒热脉证并治第二辨发惊脉证并治第三辨疮疹脉症并治第四辨疳病脉证并治第五辨上焦病脉证并治第六辨中焦病脉证并治第七辨下焦病脉证并治第八附录护养
叙卷一肿疡（谓疮疡未出脓者）溃疡(谓疮疡已出脓者)溃疡作痛卷二溃疡发热(附恶寒)发背脑疽卷三鬓疽时毒(谓毒发于面鼻耳项)疔疮臀痈(附腿痈并腿痛香港脚)卷四脱疽肺痈肺痿肠痈卷五瘰流注疮疡作渴作呕卷六咽喉
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自序卷上石膏滑石芒硝甘草黄人参桔梗术白头翁卷中黄连黄芩柴胡贝母细辛当归芎芍药牡丹皮茵陈蒿艾麻黄地黄葶苈大黄大戟甘遂附子半夏芫花五味子栝蒌实葛根防己卷下香豉泽泻薏苡仁薤白干姜杏仁大枣橘皮吴茱萸瓜蒂桂枝浓
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并言卷上神字号玉华散圣字号通利散功字号积雪膏巧字号定风针附 风热喉辨方附 积热喉辨方附 痰热喉辨方附 虚热喉辨方附 针灸须知附志卷下单鹅风双鹅风单口风松子风搭颊风外锁风斗底风木舌风重舌风莲花舌牙蜞风双