脏腑经络先后病脉证治第一湿病脉证第二百合狐惑阴阳毒病证治第三疟病脉证并治第四中风历节病脉证治第五血痹虚劳病脉证治第六肺痿肺痈咳嗽上气病脉证治第七奔豚气病脉证治第八胸痹心痛短气病脉证治第九腹满寒疝宿食病
总论出产择地土收采按时月藏留防耗坏贸易辨假真咀片分根梢制造资水火治疗用气味药剂别君臣四气五味七情七方十剂五用修合条例服饵先后各经主治引使用药法象卷之一草部上人参黄耆甘草白术生干地黄当归牛膝黄精远志石菖
简介序卷01卷02卷03卷04卷05卷06卷07卷08卷09卷10卷11卷12卷13卷14卷15卷16卷17卷18卷19卷20卷21卷22卷23卷24
叙言卷一调经古今方十九首种子时方三首外备方三首卷二胎前金匮方八首时方九首卷三产后金匮方论一十一首卷四杂病金匮方一十九首外科眼目瘰乳痈乳岩（附）乳缩乳卸附∶妇人阴挺论续记
黄帝素问灵枢叙自序卷一 刺法九针十二原一小针解二九针论三官针四终始五官能六卷二 刺法刺节真邪七逆顺八行针九血络论十论勇十一论痛十二五邪十三五乱十四五禁十五玉版十六师传十七外揣十八禁服十九卷三 经络经脉
痎疟论疏
序一序二序三重锓类证治裁序序四自序皇清例授文林郎先考羲桐府君传略凡例卷之首内景综要卷之一中风论治中风脉候附方中风脉案伤风论治伤风脉候附方伤风脉案伤寒治要经腑论伤寒脉案温症论治温症脉候附方温症脉案风温脉
鲙残篇
自序卷一调经门经水先期而来经水过期而来经行腹痛血风卷二血崩便浊白淫淋证白带血癖经准不孕热入血室卷三广嗣论胎前门受妊脉法男女脉法双胎脉法死胎脉法鬼胎脉法逐月胎形论妊娠调护法小产安胎卷四妊娠中风妊娠伤寒妊
巢氏诸病源候总论